日本国内2006年邦画興行収入ランキング
| 1 | 76.5億円 | ゲド戦記 | 2006年 |
| 2 | 71.0億円 | LIMIT OF LOVE 海猿 | 2006年 |
| 3 | 60.8億円 | THE 有頂天ホテル | 2006年 |
| 4 | 53.4億円 | 日本沈没 | 2006年 |
| 5 | 52.0億円 | デスノート the Last name | 2006年 |
| 6 | 41.1億円 | 武士の一分 | 2006年 |
| 7 | 34.0億円 | ポケットモンスター アドバンスジェネレーション ポケモンレンジャーと蒼海の王子マナフィ | 2006年 |
| 8 | 32.8億円 | ドラえもん のび太の恐竜2006 | 2006年 |
| 9 | 31.0億円 | 涙そうそう | 2006年 |
| 10 | 30.3億円 | 名探偵コナン 探偵たちの鎮魂歌 | 2006年 |
| 11 | 28.5億円 | デスノート | 2006年 |
| 12 | 22.0億円 | 大奥 | 2006年 |
| 13 | 22.0億円 | 明日の記憶 | 2006年 |
| 14 | 21.0億円 | トリック2 | 2006年 |
| 15 | 20.8億円 | 県庁の星 | 2006年 |
| 16 | 20.0億円 | ブレイブ ストーリー | 2006年 |
| 17 | 18.0億円 | 木更津キャッツアイ ワールドシリーズ | 2006年 |
| 18 | 17.8億円 | 子ぎつねヘレン | 2006年 |
| 19 | 17.0億円 | どうぶつの森 | 2006年 |
| 20 | 14.0億円 | フラガール | 2006年 |
| 21 | 13.8億円 | クレヨンしんちゃん 伝説を呼ぶ踊れ！アミーゴ！ | 2006年 |
| 22 | 13.6億円 | UDON | 2006年 |
| 23 | 13.1億円 | 嫌われ松子の一生 | 2006年 |
| 24 | 12.5億円 | NANA2 | 2006年 |
| 25 | 12.5億円 | 永遠の法 | 2006年 |
| 26 | 12.0億円 | バルトの楽園 | 2006年 |
| 27 | 12.0億円 | 手紙 | 2006年 |
| 28 | 12.0億円 | 博士の愛した数式 | 2006年 |
| 29 | 10.8億円 | チェケラッチョ！！ | 2006年 |
| 30 | 10.5億円 | タイヨウのうた | 2006年 |